중군마을을 글자그대로 임진왜란 당시 군사 요새지로서 전투군단의 편성에 있어서 전군(前軍)·중군(中軍)·후군(後軍)과 선봉부대가 있었는데, 이중 중군이 주둔한 연유로 인해 마을 이름을 중군마을이라 하였다.
1385년(고려 우왕 10)에 배씨(裵氏) 일가가 이주하면서 자손들이 터를 잡아 살아오다가 1590년경 배씨들이 몰락되었다. 이후 전주최씨(全州崔氏), 김해김씨(金海金氏), 안동권씨(安東權氏), 남원양씨(南原梁氏) 등 4개 성씨가 정착하여 마을을 이루고 있다.
자연 마을로는 중군동·돌재·백련동·수성대 등이 있었으나 현재는 중군동 외에는 모두 사람이 살지 않아 폐촌이 되었다.
마을 앞으로 난 도로를 통해 천황봉, 실상사, 뱀사골을 가는 길목이다 보니 자연스럽게 방문객들이 찾는 마을이 되었으며,
현재는 둘레길의 개통으로 인해 3구간의 주요지점으로 많은 방문객들의 숙박지로서 애용되고 있는 마을이기도 한다.